In primii ani ai activitatii sale stiintifice, Newton s-a interesat de optica, domeniu in care a facut numeroase descoperii. Prin descompunerea lumini albe  el a demonstrat ca  aceasta nu este omogena , ci se compune din culorile spectrul, a explicat modul incare obiectele apar colorate si aconstruit cu propria sa mana primul telescop cu oglinda. In continuare a descoperit fenomenul interferentei luminii cunoscut astazi sub numele de inelele lui Newton si  a elaborat teoria  corpusculara, dupa care  lumina reprezinta un flux de corpusculi forte mici. Si-a grupat rezultatele tutror cercetarilor din  acest domeniu in lucrarea Optica aparuta in anul 1704, in trei volume. 
Dina nul 1676 a inceput sa se ocupe de mecanica. Descoperirile fundamentale din acest domeniu sunt cuprinse in lucrarea monumentala Principiile matematice ale filosofiei naturale In primele doua volume se ocupa de mecanica teoretica ,iar cel de-al treilea de mecanica cereasca. Newton si-a formulat aici vestitele lui axiome  ale miscarii, insa scopul fundamental al lucrarii este sa demonstreze  legea gravitaiei, care deriva din  aplicarea axiomelor  macanicii la miscarea corpurilor ceresti.
Teoriile lui  Newton cu privire la spatiu, timp, masa si forta au avut o influenta covarsitoare asupra dezvoltarii fizicii si abia in secolul  al-XX-lea , descoperirile lui Planck si Einstein au aratat limitele legilor  pe care era construita mecanica lui Newton. Cu toate acestea mecanica  clasica si-a pastrat importanta deosebita mai ales in domeniul descoperirilor cu caracter practic. 
In ultimii ani ai vietii a inceput din nou sa-si    redacteze lucrarile  si a elaborat lucrarea istorico-teologica Chronologia.In pofida renumelui pe care si-l castigase, Newton a ramas toata viata un  om modest si simplu. Amurit la 31 martie1727si a fost inmormantat la Westminster Abbey.