Izvoraste dintr-un lac situat la 5 250 m alt. numit Intyre - dupa numele unuia dintre membrii expeditiei americane care a explora regiunea in 1971, la 175 km de Oceanul Pacific, la 190 km nord-vest de lacul Titicaca si la 110 km nord de orasul peruan Arequipa. Asadar, izvoarele Amazonului pe Ucayali si respectiv, pe afluentul acestuia Apurimac au fost stabilite in 1971 de catre expeditia condusa de Loren McIntyre, 1a o distanta in timp de 471 ani de cand spaniolul Vicente Yanez Pinzon descopera, in 1500, gura fluviului ale carui ape transformau portiunea alaturata Oceanului Atlantic intr-o Mar Dolce (Marea Dulce). Amazonul propriu-zis incepe de la confluenta celor doi mari afluenti Ucazyali si Maraunon, care se unesc la Nauta, ceva mai in amunte de localitatea Iquitos; pana la unirea cu apele celui mai mare afluent de pe stanga - Rio Negro, care se produce 1a Manaus, Amazonul se numeste Solimoes. In limitele bazinului intra versantii estici ai Anzilor, o parte din Podisul Guianei, partea nordica si centrala Podisului Braziliei si Amazonia, cea mai mare campie din lume. Cea mai mare parte a cursului se desfasoara intre Ecuator si 5^0 lat. sudica, cu consecinte foarte importante in clima regiunii si pentru regimul de scurgere fluviului.
Cursul superior, reprezentat prin Ucayali si Maranon, se inscrie in regiunea muntoasa, andina, cu vai inguste, indeosebi a Maranonului, care curg paralel cu tarmul Pacificului pe o vale de natura tectonica, cu pante mari, ceea ce confera raurilor viteze de scurgere mari in comparatie cu cele din Campia Amazoniei. Amazonia, care are o lungime, de la vest la est, de 4 380 km, o panta extrem de mica - 0,003 % (la vest 160 m. alt. si la est 0 m), corespunde unei zone de subsidenta in care s-a acumulat un volum enorm sedimente (circa 4 000 m grosime). Raurile afluente, la iesirea din podisurile vecine, constituite din roci dure, formeaza numeroase cascade si repezisuri care le confera un potential hidroenergetic ridicat.
