Prin reimpadurire versantii nu ramin goi. Padurile sunt mixte, de conifere si foioase. Lemnul importat este vital pentru nevoile industriale a Japoniei. Japonia este al doilea mare producator de hirtie din lume, si un mare important producatar de celuloza din lemn si de cherestea din conifere.
12% din suprafata sunt destinate agriculturii, iar 2% pasunatului. Cea mai mare parte a tarii eate prea muntoasa pentru agricultura, desi o parte din versanti sunt terasati. Orezul este principala planta cultivata peste 13 milioane tone pe an, in special in sud unde uneori este posibila dubla cultivare. Se cultiva si alte cereale, alaturi de trestie de zahar, fructe, cartofi dulci si soia. Sunt importante pasarile domestice, porcii si vitele. Fermele sunt mici, dar mecanizarea este raspindita.
Din cei 44297 km de cale ferata, 11649 km au fost electrificati, inclusiv Tokaido, legatura de mare viteza intre Osaka si Tokyo. Orasele mari sunt legate prin trenuri expres moderne.
